Il lago d'Averno giace all'interno di un cratere vulcanico nato quasi 4000 anni fa da una violenta eruzione a carattere esplosivo. E' posto tra i rilievi del Monte Nuovo a sud-est e del Monte Grillo a nord-ovest ed è separato dal vicino Lago Lucrino dallo sperone tufaceo del Monte delle Ginestre.
Le pomici e le ceneri dell'Averno ricoprono stratigraficamente i prodotti dei vulcani di Baia e sono a loro volta ricoperti sul versante orientale da quelli dell'eruzione di Monte Nuovo. Prima di questo evento lo specchio d'acqua era in comunicazione con quello dell'antico Lucrino.
Le porzioni a lieve pendenza prossime alle rive del lago sono occupate da agrumeti, frutteti e colture ad ortaggi.
Dai versanti interni, quello orientale si presenta in buona parte terrazzato per la coltura di vigneti e ortaggi; i restanti, solo parzialmente terrazzati, sono ricoperti da ceduo di castagno, da lecci e macchia mediterranea.